为了纪念Proton旗下的R3赛车部门成立20周年，Proton发表了限量200辆的Proton X50 R3 20周年紀念版，用以这款X50 R3是基于顶规版的X50 1.5TGDi Flagship做改造，售价RM125,300。

X50 1.5 TGDi Flagship在本地官方售价其实是RM113,300，因此这款限量200辆的X50 R3其实比标准的X50贵了1万2000令吉，而这1万2000令吉主要体现在外观上的一些装饰，对性能和操控几乎没有影响。

外观上，这款X50 R3采用了削光黑的全车车身贴膜，搭配一些黄色线条做点缀，包括水箱护罩原本红色的饰条改为黄色，前后保险杆的下护唇、以及车侧侧裙的护唇也改为黄色，同时左右后视镜的LED转向灯下方也多了一条黄色饰条。

它的内装和标准版的X50 1.5 Flagship基本上是一样的，只是在座椅的头枕上多了R3字样的双色针绣，而且也采用了R3的地毯以及Rhinepro提供的Ionix隔热膜，整个内装依旧是黑红色混搭组成。

另外，它的引擎盖也左侧也多了一条黄色饰条并与水箱护罩的饰条相连接，配上旁边一条浅灰色的阔面贴纸，而车尾的后尾翼也改用较为运动化的造型，旁边也有一个黄色的“S”字样，同时水箱护罩和尾门部份也多了R3的铭牌。